Для .avi Xvid, DivX - без сомнения VirtualDubMod. В закладке "Видео" обязательно нужно выбрать "Прямопотоковое копирование" (Direct Streem Copy). Аудиодороги добавляются в закладку "Потоки". Их расположение сверху вниз, определяют их порядок при переключении в плеере. В выпадающем меню "Чередование" можно задать параметры чередования, и, что самое главное, задать задержку (или опережение) звуковой дорожки относительно видео. Родной для авишника звук МР3, но чтобы там не писали некоторые уважаемые товарищи, авишник прекрасно работает с АС3 , WMA , WAV и даже с DTS, причём не только на компе, но и в железном плеере (ВВК по крайней мере их воспроизводит без проблем). Так что совместить оригинальный английский АС3 5.1 с несколькими русскими АС3, МР3 не проблема. Ну а сабы в авишник не полезут в любом случае - только одноимённые .srt спасут положение.
Для MKV h264 (и с любыми другими кодеками) подойдёт комплект MKVtoolnix, включающий в себя
mkvinfo- для определения параметров содержимого "Матрёшки"
mkvmerge - для сборки MKV (Как раз можно добавить/отключить звуковые дорожки, сабы , меню) Также можно обрезать видео БЕЗ ПЕРЕЖАТИЯ
mkvextract - позволяет извлечь из MKV нужный поток (видео, звук или субтитры) в виде отдельного файла с соответствующим расширением.
