В
Aegisub 2.1.9 синхронизировать субтитры с WEB-DL можно с помощью функции "временной сдвиг" в меню "тайминг". На первый взгляд способ может показаться немного "муторным", но уверяю вас, стоит немного приноровиться, и процесс займёт у вас не больше десяти минут. Итак, подробно расскажу как я сделал это.
1. Открываем наш файл субтитров, и загружаем в программу видео файл WEB-DL.
2. Подключаем звук из него же.
3. Нам необходимо найти момент, где мы отчётливо видим (слышим) что персонаж начал говорить, а субтитры не подходят.
Но так же следует учесть, что в определённых моментах возможно задуманное несоответствие (например если фраза в текстовом виде слишком длинная, и время начала субтитра намеренно выставлено на чуть ранний момент, что бы её все успевали прочесть). Хотя это и исключительные случаи, стоит иметь ввиду, что такое бывает, и что это может сбить вас с толку.4. Теперь, когда мы нашли момент, где мы однозначно знаем что субтитр должен начинаться в тот же момент, когда мы услышим речь актёра, мы должны узнать точное время начала речи. Что бы выяснить это, необходимо сделать следующее: ставим ползунок перемотки видео за секунду-две до нужного нам момента
(момента, где субтитр должен появляться одновременно с речью персонажа), и банально - быстро щёлкаем на кнопку play\pause
(хоть в Aegisub и есть отдельная кнопка "пауза", кнопка "плей" точно так же ставит видео на паузу). Щёлкаем до того момента, пока персонаж не начнёт говорить. Да, надо поймать именно этот момент, момент зарождения звука в динамике
Кончено не обязательно до сотой доли секунды, но чем точнее, тем лучше.
Есть более точный способ чем простое "тыканье", но он не всегда сработает, если на фоне есть много посторонних звуков. Этот способ - найти на графике звука (если вы подключили в программу звуковой файл из видео, этот график выводится справа, выделен на рисунке ниже) резкое изменение частоты, кторое выглядит как большой скачок амплитуды (нужно сделать очень большой масштаб), это изменение - и есть момент подачи голоса. 
5. Поймали этот момент? Отлично, теперь путём простых математических вычислений выясняем, на сколько же времени нам нужно сдвинуть субтитры относительно видео. Это время - разница между началом субтитра, и началом слышимой нами реплики персонажа. Эти простые вычисление приведены на предпоследнем скриншоте. Записывам куда-нибудь результат, как правило - это одна-две секунды. Кстати десятыми долями можно пренебречь, если они очень малы (одна-две).
6. Теперь выделям (щёлкаем основной кнопкой мыши) самый первый субтитр, и в меню "Тайминг" Выбираем пункт "Сдвиг по времени".
7. Вот тут мы и совершим самое главное. В поле "Время" вписываем время, на которое нам нужно сдвинуть сабы. В моём примере, субтитры появлялись раньше чем нужно, поэтому я ставлю флажок "Вперёд". Ставим все галочки как на скриншоте, и нажимаем Ок.
8. Теперь можно проверить результат, посмотрев ближайшие пять минут серии, и обнаружив что субтитры теперь синхронизированы. Но не стоит сильно радоваться, ибо в WEB-DL версии видео расходится не только в начале. Наш результат будет удовлетворительным только до момента, который выделен под рекламу.
(Вы наверняка замечали что в каждой серии есть два момента (примерно на 1\3 и 2\3 времени серии), где после какой-то логической паузы экран зетемняется, звук затухает, а потом шоу продолжается. При трансляции по телевидению, в этот момент нас "радуют" рекламой).
Дальнейшие действия не сильно отличаются от того что вы сделали только что. Итак, продолжаем по пунктам.
9. Ищем момент, где у нас до сих пор рассинхронизированы субтитры и видео. Нашли? Мотаем назад, ищем тот самый "момент для рекламы". Можно заметить что именно после него у нас получается "рассинхрон".
10. Выполняем всё начиная с пункта 4. С той лишь разницей, что в шестом пункте вместо первого субтитра, выделяем первый после "рекламы".
11. Проверяем результат, готово.
Никто случайно не знает, нет ли на этом форуме возможности вставить картинки в текст сообщения так, что бы они были в виде миниатюр, а при нажатии на них, открывались в полном размере? Так, я думаю, будет смотреться намного лучше.